【基础方法】基因筛选方法

  我对于基因和遗传这方面了解很少，小高考考的生物也早就还给了老师。这次看2016年的建模题，其中B题是基因相关的，长了不少见识。虽然不知道现在看的以后有没有用处，但学了就记录一下，免得忘了。
   今天看的是两种基因的筛选方法，通常在预处理阶段完成。方法比较简单，编程也不难。

最小等位基因频率

  等位基因频率常用于表示种群内基因的多样性，计算方法如下：
$$等位基因频率=\frac{特定等位基因数量}{特定基因座数量}$$
   最小等位基因频率，简称MAF(Minor Allele Frequency)，通常被用于复杂疾病的全基因组关联研究。我们通常认为，较小的MAF会使得统计性能下降，从而出现假阴性（以为错误，但是实际正确）的情况。通常，在$MAF>0.05$时，我们才认为这个基因具有一定的可靠性(commmon SNP)。
   假设基因对中$T=0.64$，$C=0.36$，则$MAF=0.36$。

Hardy-Weinberg平衡定律

  Hardy-Weinberg平衡定律，也称为哈迪-温伯格平衡定律。该定律认为在理想状态下，等位基因的频率和等位基因的基因型频率稳定不变，即具有一定的基因平衡性。
   假设基因A的频率为$p$，基因a的频率为$q=1-p$，则各种组合的基因型频率如下所示：

• AA：$p^2$
• Aa：$2pq$
• aa：$q^2$

在使用Hardy-Weinberg平衡定律计算出理想频率之后，可计算出理想频数，对比理想频数和实际频数之间相似度，计算出自由度和卡方值，并得到相应的P值。当P小于阈值(0.01或0.05)时，则认为该基因不符合Hardy-Weinberg平衡定律，可靠性较低。